ISSR/簡單重復(fù)序列間擴(kuò)增

ISSR ( inter simple sequence repeat) 又稱簡單重復(fù)序列間擴(kuò)增，是近年來發(fā)展起來的一類新型的分子標(biāo)記技術(shù)。該技術(shù)根據(jù)植物基因組中豐富的簡單重復(fù)序列設(shè)計單一引物,對基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增,利用了RAPD技術(shù)的優(yōu)點和基因組中豐富的SSR序列信息,具有操作簡單、可靠性強(qiáng)、重復(fù)性高、DNA模板用量少、不需預(yù)先設(shè)計引物的特點,可用來揭示樣本間的遺傳多樣性。

1)PCR-ISSR實驗路線

前期確認(rèn)階段：試驗樣本類型，數(shù)量，引物，簽訂試驗合作合同;

試驗費用：DNA提取30元一個樣本，PCR+電泳檢測15元一個反應(yīng)，分析單獨收費(視工作量而定);23個樣本，10對引物包括引物篩選試驗費用大約5000元。

試驗階段：DNA提取，PCR擴(kuò)增，電泳檢測

數(shù)據(jù)分析：和客戶詳細(xì)溝通，確認(rèn)分析方案：讀取01矩陣;聚類分析;多樣性分析;多態(tài)位點數(shù)(AP) 、多態(tài)位點百分率( P) 、平均等位基因數(shù)(N a) 、有效等位基因數(shù)(N e) 、Nei′s基因多樣性指數(shù)(H) 、Shannon′s信息指數(shù)( I) 、遺傳分化度(Gst)等。利用NTSYS進(jìn)行聚類分析。

2)客戶提供：

★ 基因組DNA：

●濃度為50-100ng/μL;(每個位點用2-3LμL,請根據(jù)引物數(shù)計算總體積)

●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶，沒有降解;

●DNA經(jīng)過DNA純化試劑盒或磁珠純化;

●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;

●DNA溶解后，肉眼看不到雜色;

★ 植物材料： 新鮮組織，葉片采用硅膠干燥后或干冰運輸;

★ 動物材料： 新鮮組織，無水乙醇封存低溫運輸;