STR/SSR微衛(wèi)星分析

微衛(wèi)星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，并根據(jù)片段大小分離等位基因進行分析;擴增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測，1)傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳銀染的方法適用于前期批量引物篩選;2)利用ABI遺傳分析儀對熒光標記的DNA片段進行檢測，結(jié)合分子量內(nèi)標進行DNA片段長度計算，使STR分型變得快捷，適合大量樣本的檢測。

1) 提供服務(wù)內(nèi)容

1 按照客戶要求設(shè)計實驗方案，包括是否需要引物篩選，熒光標記的選擇，引物的設(shè)計、合成和標記;引物組合的確定;

2-1 按照設(shè)計的試驗方案完成引物篩選;(如果已經(jīng)選好跳過這一步)

2-2 完成熒光PCR，并在3730xl測序儀上完成數(shù)據(jù)采集;(前期會進行預(yù)實驗)

3 對沒有擴增出來的進行二次PCR，再次檢測;

4 對收集的數(shù)據(jù)進行處理，提取結(jié)果圖譜

5 可以去除影子帶進行片段統(tǒng)計

6 標準分析： 根據(jù)毛細管電泳圖譜，將檢測峰判讀為對應(yīng)的等位基因;

高級分析：聚類分析;多樣性分析;多態(tài)位點數(shù)(AP)、多態(tài)位點百分率( P)、平均等位基因數(shù)(Na)、有效等位基因數(shù)(Ne)、Nei′s基因多樣性指數(shù)(H)、Shannon′s信息指數(shù)(I)、遺傳分化度(Gst)等。

2)目前已經(jīng)進行的樣本類型：樹木，草，花卉，昆蟲，魚類，蝦類，真菌等;

3)客戶提供：

★ 基因組DNA：

●至少15μL樣品，濃度為50-100ng/μL;

●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶，沒有降解;

●DNA經(jīng)過DNA純化試劑盒或磁珠純化;

●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;

●DNA溶解后，肉眼看不到雜色;

★ 植物材料： 新鮮組織，葉片采用硅膠干燥后或干冰運輸;

★ 動物材料： 新鮮組織，無水乙醇封存低溫運輸;